Японский энцефалит характеризуется глубоким поражением центральной нервной системы, преимущественно мозгового ствола и базальных ядер головного мозга. Болезнь после 10 15 дневного инкубационного периода протекает остро, с температурой до 40 41°, резко выраженными общемозговыми и менингеальными симптомами при общей интоксикации. Лихорадочный период продолжается 6 12 суток. Летальность очень высокая; в отдельные эпидемии доходит до 60 80 % В отличие от клещевого при японском энцефалите после заболевания не бывает параличей. Наблюдаются также абортивные и бессимптомные формы инфекции. Постинфекционный иммунитет сохраняется на всю жизнь.