Цисты овальные или круглые образования от 5 до 20 мк в диаметре, окружены тонкой, но плотной двухконтурной оболочкой. В протоплазме зрелых цист четыре ядра, а в незрелых цистах может быть два ядра. Ядра видны только в окрашенных препаратах. Цитоплазма мелкозернистая, без разделения на экто и эндоплазму. Цисты никогда не обнаруживаются в глубоких тканях, находясь только в полости кишечника и выделяясь с испражнениями во внешнюю среду. Попадая снова в организм человека, они в просвете кишечника превращаются в просветную форму, завершая жизненный цикл амебы. Кроме указанных форм, в кишечнике могут находиться разнообразные дегенеративные формы паразита.