Осуществляется методом выделения вируса в культурах клеток, заражением белых мышей и серологическими реакциями связывания комплемента, торможения гемагглютинации и нейтрализации.
Эпидемиология. Клещевой энцефалит природно очаговое заболевание. Вирус в природе сохраняется у различных животных белок, зайцев, обыкновенного ежа, крота, рыжей и красной полевок, полевки экономки и других диких грызунов, у крупных диких и домашних животных (овцы, козы, коровы и др.).