Группа А содержит 26, группа В 6 серологических типов. Вирусы Коксаки имеют величину до 28 ммк. Некоторые из них (В 5) образуют кристаллы величиной до 100 ммк с количеством вирусных частиц 4,6 1016. Изолированная РНК вируса обладает инфекционными свойствами. Вирус содержит гемагглютинин и не имеет липидов. Резистентность вируса к температуре, рН среды, химическим веществам сходна с аналогичными показателями для вируса полиомиелита вирусы Коксаки погибают при температуре 50° через 30 минут, чувствительны к формалину, устойчивы при кислых реакциях среды, а также к действию 70° этилового спирта и 5% лизола.