Существует два способа фаготипирования бактерий. При первом из них микробов подразделяют на фаготипы по свойствам выделяемых из них умеренных фагов, при втором по чувствительности микробов к специфическим (типовым) фагам в определенном разведении.
Благодаря широкому распространению умеренных фагов среди патогенных бактерий эти фаги, находясь в состоянии профага и передаваясь от родительской клетки дочерним, служат своеобразной меткой бактерии. Следовательно, для определения фаготипа бактерии необходимо произвести непосредственную идентификацию выделяемого ею фага. Этот метод, названный прямым методом фаготипирования, позволяет распознавать эпидемиологически родственные штаммы, выяснять происхождение и пути распространения инфекции. С помощью прямого метода определяют фаготипы салмонелл, кишечных палочек, однако трудоемкость и длительность данного метода несколько ограничивают его использование.