Микроскопическому исследованию подвергают свежие испражнения в виде нативных препаратов, в которых легко обнаруживаются большие, энергично передвигающиеся балантидии.
Балантидии распространены во всех странах мира. В естественных условиях болеют домашние и дикие свиньи, обезьяны, серые крысы, дикообразы и др. Основным источником инфекции являются свиньи, выделяющие с фекалиями большое количество цист, которые попадают в организм человека с водой и пищевыми продуктами, загрязненными фекалиями, а также через грязные руки. Не исключена возможность заражения вегетативными формами, так как они в желудочном соке сохраняют жизнеспособность в течение нескольких часов.