Возбудитель трахомы имеет форму круглых элементарных телец с диаметром от 200 до 300 мк, а тельца включения представляют собой колонию возбудителя. Элементарные тельца находятся не только во включениях, их обнаруживают также в свободном состоянии в цитоплазме эпителиальных клеток конъюнктивы, роговице и экссудате. По методу Романовского Гимза они окрашиваются в синий и сине фиолетовый цвет. Содержат ДНК и РНК, белки и углеводы.