Общественные меры профилактики японского энцефалита заключаются в обезвреживании мест выплода комаров переносчиков. Личная профилактика осуществляется путем применения средств, отпугивающих комаров, а также ношения специальной одежды (сетки). Для предупреждения заболеваний людей применяется вакцина, приготовленная из мозга зараженных мышей и инактивированная формалином.