Описано более 130 видов животных, в организме которых вирус способен размножаться. Основными переносчиками являются клещи (Ixodes persulcatus, Ixodes ricinus, Haemophisalis concina и др.). Циркуляция вируса осуществляется между животными переносчиками. Человек является случайным звеном и вирус проникает в его организм через укусы клещей в природных очагах клещевого энцефалита, где клещи в различных географических районах могут быть заражены в 0,5 70%. Заражение при клещевом энцефалите возможно также при употреблении молока коз, инфицированных вирусом.